中心实行理事会领导下的中心主任负责制。理事会是协同中心最高决策机构。复旦大学副校长金力院士为理事长，四家核心协同单位领导为副理事长，各协同单位推荐代表作为理事，协同中心还邀请江浙沪两省一市经信委、教委等政府人员、领域专家担任理事。中心理事会共 23 人。