中心设理事会、中心主任、专家委员会、综合办公室，下设产业发展、战略研究部、先导共性技术研究部、重大协同创新工程部、集成电路国际工程学院、集成电路创新技术转移基地。工程部下设创新团队，研究部下设研究小组。

    中心实行理事会领导下的中心主任负责制。组织构架遵循“一主体，两引领，三支撑”原则：以产业发展战略和先导共性技术研究部为引领，以重大协同创新工程部为主体，以集成电路国际工程学院、集成电路创新技术转移基地和研发设备公共服务平台为支撑。
 

图：长三角集成电路设计与制造协同创新中心组织架构